Pueblo Libre fue creado un 14 de agosto de 1557 como Pueblo para la Doctrina de Santa María Magdalena, en igual fecha que el templo en torno al cual creció, bajo auspicios de la Orden Franciscana , en terrenos donados por el Cacique Gonzalo Taulichusco, hijo de Taulichusco El Viejo, según la Confirmación Real del Sitio, de la Casa , Monasterio y Huerta de la Magdalena , suscrita el 3 de julio de 1557 por las autoridades españolas, en presencia del Cacique y del padre Fray Joan de Aguilera

La Chaclla o Beaterio Franciscano, encontró terreno fértil para su labor evangelizadora en los aborígenes traídos a la repartición desde la Guadja , para superar atávicas idolatrías y abrazar la nueva fe.

Eran hombres de gran apego a su identidad, fuertes para el trabajo y elevados para el culto y cuyos orígenes se pierden en el confín de los siglos bajo el influjo de las portentosas culturas Chavín y Huari, apareciendo con mas claridad como parte de la cultura Lima..

La presencia Inca se deja sentir recién a partir de 1460, consolidada más adelante con la visita del Inca Huayna Cápac en el año 1508.

Desde 1672 es la Magdalena Vieja.

El 8 de julio de 1821, el libertador Don José de San Martín la bautiza como Pueblo Libre en reconocimiento al patriotismo de sus moradores. Un decreto supremo del 10 de abril de 1822, ordenado por el general José Bernardo de Tagle y Portocarrero, hace cumplir la voluntad del libertador.

En tiempos de la Constitución liberal de 1856, una ley del 2 de enero de 1859 da existencia legal al distrito como Magdalena Vieja, siendo su primer alcalde don Pedro del Solar el año de 1873.

En 1881, Pueblo Libre fue sede del Gobierno Provisorio del Presidente Francisco García Calderón, durante la Guerra del Pacífico, recordándosele como “Héroe Civil” , “Presidente Mártir” y “Presidente cautivo”, por enfrentar las fuerzas invasores al mando del general Patricio Lynch y sufrir prisión en Santiago de Chile.

Desde esa fecha, el arraigado patriotismo de Pueblo Libre lleva con orgullo en su memoria el ejemplo de diez vecinos que resistieron a la fuerza invasora al lado del Doctor Francisco García Calderón. Sus nombres de héroes figuran en el libro de defunciones de la Iglesia Santa María Magdalena.

Por mandato de la Ley 4101 del 10 de mayo de 1920, San Miguel y Magdalena del Mar se independizan de la Magdalena Vieja.

El 5 de septiembre de 1940, durante el gobierno de Don Manuel Prado, por la Ley 9162, La Magdalena Vieja volvió a llamarse Pueblo Libre .

En retribución a la presencia de sus más ilustres vecinos, el pueblo llamó a Pueblo Libre, “Villa de Los Libertadores”, recordándose que durante la residencia del libertador Simón Bolívar, vivieron también aquí sus Generales, Sucre, Córdova, La Mar , y otros cuyos nombres llevan las calles del distrito